В 2005 году Межрайонная инспекция по крупнейшим налогоплательщикам по Мурманской области предъявила ОАО «Апатит» претензии за 2001 год. Налоговая требовала с компании доплатить в общей сложности 5,37 миллиарда рублей. В эту сумму вошли налоги (2,7 млрд. руб.), пени (1,6 млрд. руб.) и штрафы (более 1 млрд. руб.). Более 5 миллиардов рублей из этой суммы компания тогда же оспорила в суде. О том, что суд признал недействительными более 90 процентов от общей суммы претензий, «Ведомостям» рассказал источник, знакомый с ходом разбирательств.
А сотрудник арбитражного суда Мурманской области подтвердил, что вчера суд в полном объеме удовлетворил иск ОАО «Апатит» к налоговикам, признав недействительным доначисление налогов, пеней и штрафов за 2001 год на общую сумму 5,04 миллиарда рублей. В эту сумму входили претензии по налогу на прибыль (более 3 млрд. руб.), на добавленную стоимость (1,9 млрд. руб.) и на пользователей автомобильных дорог (89 млн. руб.). Пояснить причины такого решения представитель суда отказался до вынесения мотивировочной части. По этой же причине не стал комментировать решение суда и представитель холдинга «Фосагро», в который входит комбинат «Апатит».
Претензии за 2001 год пока самые крупные из предъявленных «Апатиту» налоговиками. В конце 2005 года ИФНС выставила компании счет за 2002 год - более 2,3 миллиарда рублей, а в этом году - и за 2003 год - 4,3 миллиарда рублей. Их ОАО «Апатит» также оспаривает в Мурманском арбитражном суде.