В 1971 году он был создан как народный, позже стал филиалом областного краеведческого. В период его создания добровольные помощники собирали у жителей города предметы поморского быта, фотографии, документы по истории края и материалы, связанные с периодом гражданской войны. На начало 2000 года сотрудниками Кандалакшского филиала областного краеведческого музея было собрано и поставлено на учёт более 7000 единиц хранения.